El Doctorado cuenta con dos Líneas de Generación y/o Aplicación del Conocimiento (LGAC).
- Desarrollo Rural y Urbano Sustentable, que comprende las sublíneas:
- Desarrollo Rural Sustentable
- Desarrollo Urbano Sustentable
- Turismo Sustentable y Educación Ambiental
- Políticas Públicas para el Desarrollo Sustentable
- Manejo Sustentable de Recursos Naturales, que comprende las sublíneas:
- Manejo Integral del Agua
- Gobernanza y Resiliencia Ambiental
- Manejo y Conservación de la Biodiversidad
- Manejo de Agroecosistemas Tropicales
- Ecotecnologías Sustentables para mitigar problemas ambientales
